Pada abad ke-13 telah wujud Kesultanan Samudra Pasai sebagai Kesultanan Islam pertama di Asia Tenggara. Pada waktu itu, seluruh penduduk Nusantara belum memeluk Islam, tetapi proses penyebaran Islam sudah berlaku.Dan, lama sebelum berdirinya Samudera Pasai sudah banyak penyebar-penyebar Islam datang ke Nusantara secara individu. Dari Samudera Pasai timbul Malaka, setelah itu Malaka berhubungan dengan Jawa dan seluruh pulau di Nusantara. Timbul pula kerajaan Demak, Cirebon, Kesultanan Makassar, Ternate, Tidore dan seterusnya.
Secara politik, bilakah Nusantara menjadi negeri Islam secara keseluruhan?
Menjadi Islam keseluruhan pada abad 17, karena pada saat itu semua pemimpin dan tokoh masyarakat di kepulauan Nusantara sudah memeluk Islam. Dari catatan sejarah, pemimpin masyarakat yang paling akhir memeluk Islam adalah Gowa Tallo. Ini terjadi pada tahun 1605 bertepatan dengan abad 17. Pada saat itu, VOC (Syarikat Hindia-Timur Belanda) memang sudah masuk ke sebahagian wilayah Nusantara tapi belum menyeluruh pengaruh dan kekuasaannya. VOC pertama kali datang ke Nusantara pada tahun 1596 dengan mendarat di Banten.
